Da die Unternehmen, die IM-Software unterstützen und entwickeln, Mitbewerber sind, sind fast alle oben genannten Programme nicht miteinander kompatibel. Wenn Sie sich bei AIM befinden und einen Freund mit MSN verwenden, können Sie nicht miteinander sprechen, es sei denn, Sie oder Ihr Freund erhalten denselben Instant Messenger. Es wurden Programme wie Trillian und Gaim (jetzt Pidgin) erstellt, mit denen Benutzer alle Instant Messenger in demselben Programm verwenden können. Diese Arten von Programmen arbeiten jedoch immer noch in unterschiedlichen Netzwerken.
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