Windows ME ist ein Upgrade auf Windows 9x. Die Mehrheit der Software für Windows 95 und Windows 98 funktioniert mit Windows ME. Wir sagen "Mehrheit", weil Software wie ein Antivirenprogramm oder ein anderes für Windows 9x entwickeltes Dienstprogramm in Windows ME nicht funktioniert (oder nicht gut funktioniert). Die Dateistruktur und die Konfigurationsdateien haben sich in Windows ME geringfügig geändert. Spiele, Programme und andere Software funktionieren jedoch in Windows ME. Wenn die Software nicht funktioniert, sollte sie über ein Update verfügen, damit sie funktionieren kann.